免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）開始作為傳統(tǒng)親和柱色譜的改進(jìn)方法而開發(fā)，包括將樣品、洗滌溶液和其他溶液通過固定有靶點(diǎn)特異性抗體的多孔樹脂（通常為瓊脂糖）柱。我們將少量樹脂加入到微量離心管中，并采取間歇式孵育，取代了重力式填充柱的免疫沉淀方法。在每個(gè)步驟中，將溶液加到填料中，然后混合并共同孵育（即，填料微球懸浮在溶液中）。在每個(gè)孵育步驟的后，通過離心使填料沉淀到管底，用移液器移除溶液。
與柱式親和色譜層析不同，免疫沉淀的目標(biāo)是僅分離足夠用于蛋白免疫印跡分析或其他半定量或定量檢測(cè)方法的蛋白質(zhì)。通常，對(duì)已處理和未處理的樣品進(jìn)行比較，可評(píng)估目標(biāo)蛋白的相對(duì)量。
免疫沉淀重要的一個(gè)目標(biāo)是獲得信噪比低，背景干凈的結(jié)果。在實(shí)際應(yīng)用中，改變某些參數(shù)可提高成功率。其中之一是優(yōu)化抗體。蛋白A/G瓊脂糖的使用雖然能得到可靠的結(jié)果，但是，直接將抗體和瓊脂糖相連可降低背景，從而提高質(zhì)量。此外，抗體與細(xì)胞抽提物的比例在很大程度上影響了結(jié)果的好壞。
如果有交叉反應(yīng)，需要用親和層析來純化抗體。此外，還有一些降低背景的方法。首先，可在沉淀和洗滌的過程中增加鹽和去污劑的濃度來降低非特異性結(jié)合；其次，可增加洗滌的次數(shù)，但是這種方法有可能同時(shí)減少相互作用的特異結(jié)合蛋白；第三，細(xì)胞抽提物可與蛋白A/G-Sepharose進(jìn)行預(yù)先孵育，這樣可去除與固相成分結(jié)合的非特異蛋白；第四，裂解液和沉淀緩沖液中都可加入1％牛血清白蛋白（BSA）來減少非特異結(jié)合。后，提高細(xì)胞抽提物中目標(biāo)蛋白的含量或表達(dá)量，也可加強(qiáng)信號(hào)的強(qiáng)度。
